La grotta scavata nella pietra decomposta che scende dal versante orientale della borgata Bussetti, costituisce l'originario luogo di preghiera, di epoca più antica, ma non definibile temporalmente. E' stata compresa nelle varie chiese che, a partire dal cinquecento, si sono succedute ed è accessibile dalla basilica subito dopo l'ingresso di destra, oltre che da un breve passaggio dall'attigua cappella di San Zaccaria. Contiene uno dei sette altari di cui è dotata la chiesa e, in una nicchia, la statua in legno del Precursore, di buone qualità artistiche.
Le condizioni di semioscurità dell'ambiente, la pavimentazione in lastre di pietra grezza e le stesse pareti con la volta irregolare, anche se parzialmente modificate nel tempo con materiali e colorazioni, che ne hanno in parte compromesso il carattere naturale originario, la rendono un luogo di raccoglimento suggestivo, che invita alla preghiera e alla meditazione.